CIEN Austral en su nuevo Plan de Desarrollo 2010 - 2015 (Continuidad) tiene como objetivo general Fortalecer la competitividad e innovación de la industria acuícola y pecuaria de la Región de Los Lagos, generando investigación y desarrollo en nutrición y alimentación animal, sustentabilidad ambiental y diversificación acuícola

(i) Abordando el proceso alimentario animal con énfasis en los sectores acuícola y pecuario de la Región de Los Lagos a partir de la generación de conocimiento científico-tecnológico de clase mundial; (ii) Generando información relevante para la toma de decisiones de agentes públicos regionales y el tejido empresarial, a partir de sus líneas de investigación; y (iii) Aumentando la competitividad de la industria acuícola y pecuaria mediante el desarrollo de modelos de gestión tecnológica.