El objetivo general del FCR-CSB es ofrecer servicios y soluciones basadas en investigación aplicada conducentes a resolver problemas y necesidades de la industria chilena, enfocados en el área de la innovación en ciencias aplicadas, similar a los centros asociados Fraunhofer en Alemania. El foco central del trabajo del FCR-CSB es la biotecnología de sistemas, una emergente sub-disciplina de las ciencias de la vida para atender a las necesidades de un grupo de clústeres prioritarios en Chile. Dentro de un plazo de 10 años, el objetivo es instalar, mantener y fortalecer el centro según los puntos de referencia de la Fraunhofer Gesellschaft, incorporando la expertise e infraestructura de socios claves en Chile. Por otro lado está el establecer altos estándares en cuanto a formación de capacidades y recursos humanos. Este objetivo general será alcanzado a través de la interacción y el trabajo conjunto con un grupo de ministerios, entidades financieras, institutos, centros y universidades chilenas, por medio del establecimiento de plataformas de tecnología complementarias, asociado con un fuerte portafolio de propiedad intelectual. El FCR-CSB accederá a socios locales y globales de entidades financieras de las áreas privadas y públicas para alimentar el futuro ducto de investigaciones realizadas con financiamiento directo de proyectos e ingresos provenientes de las licencias, y contribuirá a la formación de empresas start-up.