Esta propuesta tiene como objetivo el desarrollo de una plataforma de genómica que permita el genotipado a gran escala en salmón Coho con el objetivo de generar programas sustentables en esta especies, asociados a la resistencia genética a enfermedades y manejo de la consanguinidad.

1.- Secuenciar regiones aleatorias del genoma del salmón Coho a través de la estrategia de representación reducida del genoma en genomas haploides y diploides de salmón Coho, determinando variantes del tipo SNP. 2.- Secuenciar el RNA mensajero de individuos resistentes y susceptibles, a Pisciricketsia salmonis caracterizando el transcriptoma en salmon Coho. 3.- Determinar genes que se expresan diferencialmente entre individuos susceptibles y resistentes asociados a la Pisciricketsiosis en salmón Coho. 4.- Secuenciar el RNA mensajero de individuos resistentes y susceptibles, caracterizando el transcriptoma asociado a la resistencia al síndrome ictérico del salmón Coho. 5.- Determinar genes que se expresan diferencialmente entre individuos susceptibles y resistentes asociados al síndrome ictérico. 6.- Determinar polimorfismos de una base (SNP) en regiones flanqueantes a sitios de restricción excluyendo SNP paralogos que se encuentren en regiones duplicadas del genoma del salmón. 7.- Determinar polimorfismos de una base (SNP) segregantes en regiones genómicas codificantes asociadas a regiones que se espresaron de acuerdo a Pisciricketsiosis y Sindrome Icterico del salmón. 8.- Generación de una plataforma de genotipado que permita la genotipificación a gran escala del genoma del salmón Coho, para la detección de genes asociados a resistencia a enfermedades, estructura poblacional y selección genómica.