La aplicación de la biología molecular al manejo de poblaciones naturales o cultivadas de especies marinas, ha experimentado en los últimos anos un importante incremento a partir de la utilización de los loci microsatélites. Los altos niveles que estos marcadores moleculares exhiben en cuanto a polimorfismo y número en el genoma de todas las especies, además de su amplia distribución, han contribuido a que prácticamente en todos los programas de manejo, sean éstos, los marcadores genéticos de elección. En este trabajo se harán estudios de polimorfismo, utilizando como marcadores genético variaciones de secuencias microsatélites. Este tipo de marcadores han sido ampliamente utilizados en programas de mejoramiento genético, apuntando en este caso particular, a desarrollar una herramienta que impida el impacto negativo que tiene la endogamia sobre la productividad del Ostión del Norte.Los aspectos abordados están relacionados con la aplicación de estudios de parentesco y a la búsqueda de marcadores genéticos relacionados con caracteres de interés económico (tamano del callo, color de la gonada, etc.)La alta variabilidad y la codominancia de los microsatélites, permitirían establecer pedigríes en el cultivo y además inferir relaciones de parentesco entre reproductores de los cuales no se conoce su origen, esto último a través de índices que a partir de la composición genotípica, reflejen la similitud genética entre ellos (Coeficiente de relación genética R). Estos marcadores también permitirán implementar programas de mejoramiento asistidos por marcadores moleculares (MAS). Esta situación puede llevar a grandes pérdidas (enanismo, hipersensibilidad a enfermedades, crecimiento lento, etc.), si se cruzan reproductores estrechamente emparentados, dado que la descendencia no se beneficiará del vigor híbrido típico de cruzas entre reproductores genéticamente diferentes.