1. Recuperar, conservar y multiplicar la raza Caballar Chilote.2. Realizar un análisis real de la situación de la población de Caballares Chilotes en la provincia de Chiloé.3. Transferir tecnología, difundir resultados de investigación y promocionar la raza de Caballar Chilote a nivel nacional e internacional.

Formar y conservar un núcleo reproductor de caballos chilotes, que permita disponer de un pool genético parareproducción y estudios. Evaluar el comportamiento de la raza en condiciones de plantel reproductor. Realizar un catastro de la raza caballar chilote en la provincia de Chiloé. Realizar un estudio de viabilidad genética de población de caballares chilotes en la provincia de Chiloé. Transferir los resultados de la investigación a agricultores de la provincia y del país.

Al momento de iniciarse este proyecto de innovación, el llamado caballo chilote se encontraba en una situación deriesgo de extinción. En este contexto, y con el propósito de recuperar, conservar y multiplicar la raza caballar chilota, en el marco del presente proyecto se constituyó en el Centro Experimental Butalcura de INIA un núcleo fundador de la raza formado por 13 potros y 15 yeguas adquiridos en el archipiélago de Chiloé.Como complemento de lo anterior, se incentivó a productores de la zona para conservar y/o adquirir estos animales, se realizó el lanzamiento de la raza Caballar Fino Chilote, se confeccionó un reglamento general de registros genealógicos de la raza, se abrieron los registros de inscripción de los caballos que correspondían a los estándares establecidos para esta raza, se incentivó a los criadores de caballos de esta raza a organizarse y se elaboró un proyecto de estatutos para una asociación nacional de criadores de caballo fino chilote. Junto a lo anterior se realizaron estudios de caracterización fenotípica y genética del caballo chilote. Para esto, se efectuaron los análisis sanguíneos y genéticos, de modo de establecer estándares de la raza (polimorfismos, antigénicos, eritocitarios y bioquímicos del núcleo de caballos chilotes). En base a estos análisis sanguíneos y bioquímicos se logró establecer similitudes con otras razas de caballos, tales como el caballo Garrano, originario de Portugal.