Holanda: Secuencias de genoma de manzana para obtención de nuevas variedades

La secuencia del genoma fue montado por un consorcio internacional de instituciones de investigación de Francia, Italia, Alemania, los Países Bajos y Sudáfrica. La alta calidad de los datos del genoma, lo que indica más de 42 mil genes putativos, es el resultado de la utilización de las últimas tecnologías de secuenciación, que generan largos tramos de secuencias de ADN, una variedad de manzana muy específico, y el mapa de ligamiento genético más informativo en Apple desarrolló en una investigación anterior.

La secuencia del genoma proporciona nuevos conocimientos sobre la organización del genoma de manzana. Ya 93% de los 42 mil genes putativos han sido validados a través de secuenciación de ARN. Este conocimiento es útil para la identificación de genes que controlan un rasgo de interés y para el desarrollo de pruebas de diagnóstico basadas en ADN que pueden acelerar obtención de nuevas variedades.

El uso de una variedad denominada manzana di-haploides era crítico para el éxito de este estudio. Apple es una especie de fecundación cruzada, haciendo su genoma heterocigóticos. También, la manzana se originó a partir de una hibridación entre dos especies diferentes, que se acopló con una duplicación de todo el genoma. Como resultado, cada variedad de manzana regular tiene hasta cuatro variantes para cada uno de sus secuencias de ADN. La variedad di-haploides utilizado en este estudio es especial, ya que sólo tiene un máximo de dos variantes de cada secuencia. Esto conduce a una reducción de la complejidad dramática, lo que hizo posible la generación de una secuencia del genoma muy alta calidad.

Los nuevos puntos de vista en el genoma de manzana incluyen una visión clara de los patrones de duplicación entre los 17 cromosomas de manzana. Esto facilita la identificación de copias de genes con función similar. A continuación, se han montado las denominadas "regiones repetitivas. Estas regiones hasta ahora no caracterizados del genoma de manzana pueden estar involucrados en la regulación de la expresión génica. Por último, un nuevo tipo de secuencia de repetición se encontró que puede ser específico para centrómeros, que pueden conducir a nuevos conocimientos en la división de cromosomas y la replicación.
a investigación fue coordinada por Etienne Bucher del INRA-Angers. Los investigadores de la Universidad de Wageningen e investigación han contribuido a la secuenciación del genoma, la cartografía del genoma y montaje, aplicando su experiencia y conocimientos en la bioinformática y dando acceso temprano a una referencia de alta calidad mapa de ligamiento genético en la manzana.

Universidad de Wageningen e investigación en sí se desarrolla nuevas variedades de manzana, lo que resultó en la máxima variedad 'Elstar', 'Santana' y el recientemente lanzado 'Natyra'. Los dos últimos son adecuados para la producción biológica ya que estas variedades tienen resistencias a enfermedades. Además, 'Santana' es adecuado para el consumo de la mayoría de las personas con alergia leve manzana.

Wageningen utilizará los nuevos conocimientos en el ADN de la manzana en la cría selectiva de nuevas variedades.
Esta nueva secuencia del genoma ha sido posible gracias al apoyo financiero de la Comisión Europea y algunas agencias nacionales de concesión.

Fuente: Red Innovagro