ZIWR fue fundado en enero de 2002 en el Instituto Jacob Blaustein para la Investigación del Desierto, en el Campus de Sde Boker de la Universidad Ben-Gurion del Negev. El equipo científico utiliza enfoques experimentales y teóricos para realizar investigaciones fundamentales relacionadas con el agua con el fin de comprender fenómenos de amplio alcance. Las investigaciones del centro abarcan la nanociencia y los fenómenos de escala de poros, y se extiende a proyectos piloto y estudios de campo. Dentro del Instituto operan dos departamentos: (1) Departamento de Hidrología y Microbiología Ambiental y (2) Departamento de Desalinización y Tratamiento de Aguas.